Arrêts de travail : ce qui change au 1er septembre 2026, et ce que l'exclusion de Mayotte révèle

Le décret du 12 juin 2026 ne retire aucun droit. Il redécoupe l'arrêt de travail et redistribue la charge du suivi : sur le prescripteur, sur le salarié, sur l'employeur. Et son article 2, en excluant Mayotte des plafonds, dit quelque chose que le commentaire hexagonal n'a pas vu.

Ce que le texte dit, exactement

À compter du 1er septembre 2026, un arrêt de travail initial ne pourra plus être prescrit pour une durée supérieure à trente et un jours. Chaque prolongation sera plafonnée à soixante-deux jours. C'est le décret n° 2026-498 du 12 juin 2026, publié au Journal officiel du 13 juin, qui crée cette règle à l'article R. 162-1-7-1 du code de la sécurité sociale, en application de l'article 81 de la loi de financement de la sécurité sociale pour 2026.

Il faut dire aussi ce que la réforme ne fait pas. Elle ne plafonne pas la durée totale d'un arrêt : un arrêt long reste possible, il sera simplement prescrit par séquences. Le médecin conserve d'ailleurs une soupape, puisqu'il peut dépasser ces plafonds en portant une justification expresse sur l'avis d'arrêt, au regard des recommandations de la Haute Autorité de santé. Les arrêts prescrits avant le 1er septembre ne sont pas concernés.

Ce décret n'arrive pas seul. Le même Journal officiel en contient trois autres, datés du 12 juin. Le décret n° 2026-499 permet au prescripteur, et à lui seul, de solliciter l'avis du service du contrôle médical lorsque la durée de renouvellement d'un arrêt atteint trois mois : une faculté, non une obligation. Le décret n° 2026-501 fixe, pour la première fois, une durée maximale de service des indemnités journalières en accident du travail et maladie professionnelle : quatre ans, pour les sinistres survenus à compter du 1er janvier 2027, avec réouverture possible d'une nouvelle période de quatre ans après une reprise d'activité d'au moins un an, que l'assuré atteste sur l'honneur. Le champ est large : régime général, salariés et non-salariés agricoles, et régimes spéciaux, de la SNCF aux industries électriques et gazières. Le décret n° 2026-503, enfin, réorganise les visites de préreprise et de reprise. Il est le seul déjà applicable, depuis le 15 juin, et c'est peut-être le plus important des quatre pour un employeur : on y revient plus bas.

La justification avancée est comptable, et les chiffres sont réels : environ 9,1 millions d'arrêts indemnisés par an et près de 18 milliards d'euros d'indemnités journalières versés en 2025, une dépense qui progresse d'environ un milliard d'euros par an depuis la crise sanitaire. Ces données proviennent de l'Assurance maladie et figurent dans le dossier gouvernemental accompagnant la loi de financement de la sécurité sociale pour 2026, dont l'article 81 fonde précisément ces décrets.

Ce que cela suppose en pratique

Un redécoupage n'est jamais neutre. Là où une prescription unique couvrait trois mois, il faudra désormais une consultation initiale puis un renouvellement. Chaque tranche suppose un rendez-vous, un déplacement, un créneau disponible chez un médecin.

Or le législateur a, dans le même mouvement, restreint la voie qui aurait pu absorber ce flux. La loi n° 2026-534 du 25 juin 2026, applicable depuis le 27 juin, interdit que le second renouvellement d'un arrêt soit délivré par télémédecine. Des dérogations existent : le médecin traitant et la sage-femme référente ne sont pas concernés par l'interdiction, et l'impossibilité avérée de consulter en présentiel reste admise. Mais ces dérogations supposent d'être connues, invoquées, justifiées. Le patient qui a un médecin traitant disponible n'est pas dans la même situation que celui qui n'en a pas.

La géographie du texte

C'est ici que la lecture depuis la Martinique apporte quelque chose que le commentaire hexagonal ne voit pas. L'article 2 du décret n° 2026-498 précise que les plafonds de prescription ne sont pas applicables à Mayotte. Cette exclusion n'est pas une inadvertance. Elle est la reconnaissance implicite d'un principe : un plafond de prescription suppose une offre de soins capable d'absorber les consultations qu'il génère. À Mayotte, la densité de médecins généralistes est environ cinq fois inférieure à la moyenne nationale. Le pouvoir réglementaire en a tiré la conséquence.

La question qui reste ouverte est celle de la ligne de partage. Les Antilles présentent des densités moyennes de généralistes supérieures à celle de l'Hexagone : environ 149 pour 100 000 habitants en Guadeloupe, 136 en Martinique, contre 117 dans l'Hexagone, selon l'Atlas de la démographie médicale du Conseil national de l'Ordre des médecins, dans ses éditions 2025 et 2026, cette dernière publiée en mars 2026. Il serait donc inexact de décrire la Martinique comme un désert médical. Mais une moyenne territoriale ne dit rien de la répartition interne, ni des délais réels pour obtenir un rendez-vous de renouvellement dans le Nord Atlantique ou le Nord Caraïbe, ni de la situation de la Guyane, qui se situe, elle, nettement sous la moyenne nationale. Le fractionnement des prescriptions se mesurera là, sur le terrain, commune par commune, à partir de septembre.

L'angle qui compte pour un employeur

Un employeur n'a aucune prise sur ces décrets. Il a en revanche une prise entière sur ce qui produit l'absence. Les motifs psychologiques y occupent désormais une place de premier plan : selon la septième édition du baromètre Workplace Options réalisé par Ipsos, publiée en avril 2026, 43 % des actifs ayant connu un arrêt de travail au cours des douze derniers mois déclarent que celui-ci était lié, en tout ou partie, à un motif psychologique. En Martinique, la Caisse générale de sécurité sociale a versé 46,9 millions d'euros d'indemnités journalières en 2025, et plus de 80 000 avis d'arrêt de travail lui ont été transmis en ligne, selon son rapport d'activité 2025, mis en ligne en juillet 2026. Découper un arrêt en tranches ne soigne pas ce qui l'a produit. Pour l'employeur, une absence longue redécoupée en séquences de trente et un jours n'est pas un problème de contrôle : c'est un signal de pilotage, qui renvoie au document unique, à l'évaluation des risques psychosociaux, à l'organisation du travail elle-même.

Ce qui se joue en septembre

La loi n° 2026-534 du 25 juin 2026 offre un raccourci saisissant de la période. Son article 49 restreint la télémédecine pour le renouvellement des arrêts. Son article 48 crée une amende administrative pour absence de document unique d'évaluation des risques. Deux articles du même texte, deux logiques : d'un côté le contrôle de la prescription, de l'autre l'obligation de prévenir. Les employeurs qui liront la réforme des arrêts de travail uniquement comme un durcissement du contrôle en manqueront la moitié.

L'articulation de ces règles avec le risque cyclonique, autre grande cause d'interruption d'activité dans nos territoires, fait l'objet d'une publication dédiée. L'état du droit décrit ici est celui du 25 août 2026.